Avatar, 2150'li yıllarda geçmektedir. Dünya'da çevreye geri dönülmez zararlar verilmiş, neredeyse hiç yeşillik kalmamıştır. İnsanlık, yeni yaşamalanları bulmak için uzay araştırmalarında ilerlemiş ve Pandora adlı bir gezegeni ve bu gezegendeki, kilosu 20.000.000$'a alıcı bulan Unobtainium adlı bir madeni keşfetmiştir.
Bir yandan da bilim insanları bu gezegeni, bitki örtülerini, canlılarını ve yerli Na'vi halkını daha iyi tanımak için çalışmalar yapmaktadır. Bu ekibin başında Dr. Grace Augustine bulunmaktadır. "Avatar" olarak adlandırılan ve insan ile yerli dna'larının sentezlenmesiyle oluşan yapay ortamda büyütülmüş bedenler, dnası kullanılmış olan insanın beyni tarafından kontrol edilebilmekte, böylece Pandora'nın zorlu koşullarında rahatça hareket edilebilmektedir. Pandora insan için zorlu bir gezendir çünkü havası insanlar için zehirlidir ve birçok tehlikeli canlı burada yaşamaktadır.
Tom Sully, bu avatar programına gitmek üzere hazırlandığı sırada bıçaklı saldırıya uğrayarak öldürülmüştür. Bunun üstüne, tek yumurta ikizi kardeşi Jake Sully'e dna kodları aynı olup Tom'un avatarını kullanabileceği için Pandora'da görev teklif edilmiştir. Jake Sully, sakat kalmış eski bir askerdir ve yeni bir umut için görevi kabul eder
Jake'in ekibe katılmasıyla birlikte, Dr.Grace yeterli eğitimi olmadığı için itirazlarını dile getirir.
Kendini bu ekibe ait hissetmeyen Jake, güvenlik şefi olan Albay Miles 'in kendisine önerdiği ve karşılığında bacaklarını tedavi ettireceği sözünü verdiği bir görevi kabul eder. Bu görev, Jake'in avatar bedeni sayesinde yerli Na'vi'ler arasına sızıp, gerekli bir durumda onlara karşı kullanılabilecek bilgileri albaya iletmesidir.
Böylece, Jake'in Pandora serüveni başlar. Yeniden yürüyebilmenin heyecanı, gezegenin içine girdikçe büyüyen güzelliği ama en önemlisi de yerlilerin liderinin kızı olan Neytiri'yle tanışması Jake'i içinden çıkamayacağı durumlara sokacaktır.
Çıkarları yerlilerle çakışan ve bu yüzden zor kullanmayı göze alan insanlar, Pandora'da da bir savaş başlatacak mıdır? Bu savaş olursa Jake kimin tarafını tutacaktır?